Organismes de formation à activités multiples : la comptabilité séparée, clé de voûte du contrôle financier

Comptabilité séparée : rappel du cadre juridique et des enjeux

Un cadre juridique strict

Les organismes de formation à activités multiples doivent suivre d'une façon distincte en comptabilité l'activité exercée au titre d'une part, de la formation professionnelle continue et, d'autre part, de l'apprentissage (article L6352-7 du Code du travail). La séparation comptable entre les prestations de formation professionnelle ^{[ 1 ]} Telles que visées au 1 à 4 de l'article L6313-1 du Code du travail. et les autres activités mises en œuvre par les organismes à activités multiples, dont la formation professionnelle, est effectuée soit par la tenue d'une comptabilité distincte, soit par l'isolement de ces activités dans des sous comptes déterminés, soit par l'établissement d'une comptabilité analytique (arrêté du 21 juillet 2020 modifié par arrêté du 30 mars 2023). Le non respect de cette obligation est puni d'une amende de 4 500 euros (article L6355-11 du Code du travail).

Mais la vraie "sanction" de cette obligation est ailleurs : à défaut de tenue d'une comptabilité distincte, en cas de contrôle de l'administration, l'organisme de formation peinera à démontrer que ses dépenses se rattachent à son activité de formation professionnelle.

Une obligation dont la portée dépasse largement la sanction pénale

Les organismes de formation sont tenus, à l'égard des agents de contrôle, de présenter les documents et pièces établissant l'origine des produits et des fonds reçus ainsi que la nature et la réalité des dépenses exposées pour l'exercice des activités conduites en matière de formation professionnelle et de justifier le bien-fondé de ces dépenses et leur rattachement à leurs activités ainsi que la conformité de l'utilisation des fonds aux dispositions légales et réglementaires régissant ces activités. A défaut de remplir ces conditions, les organismes font, pour les dépenses ou les emplois de fonds considérés, l'objet d'une "décision de rejet" (article L6362-5 du Code du travail). Les organismes  de formation versent au Trésor public, solidairement avec leurs dirigeants de fait ou de droit, une somme égale au montant des dépenses ayant fait l'objet d'une décision de rejet (article L6362-7 du Code du travail).

L'enjeu est donc de taille !

Le fondement constitutionnel du contrôle financier

Dans sa décision n° 2012-273 QPC du 21 septembre 2012, le Conseil constitutionnel a relevé que le contrôle des organismes prestataires d'activités de formation professionnelle continue "est destiné à vérifier que les sommes versées par les personnes publiques en faveur de la formation professionnelle ou par les employeurs au titre de leur obligation de contribuer au financement de la formation professionnelle continue sont affectées à cette seule fin". Dès lors, comme le rappellent les juges de la Cour administrative d'appel de Versailles, l'administration ne pourrait légalement imposer à un organisme de formation le versement au Trésor public de sommes correspondant à des dépenses qui n'auraient pas été financées par des personnes publiques ou des employeurs à ce titre. Toutefois, les juges versaillais rappellent que "le contrôle administratif et financier dont ces organismes font l'objet a vocation à s'étendre à l'ensemble de leurs dépenses, dont ils doivent pouvoir justifier de l'utilité au titre de leurs actions de formation, par l'établissement d'un lien, direct ou indirect, entre leurs dépenses et ces actions" ^{[ 2 ]} Cour administrative d'appel de Versailles, 1er avril 2025, N° 22VE02518.

Les deux difficultés majeures en l'absence de comptabilité séparée

Sans comptabilité séparée au sein d'un organisme ayant plusieurs activités, mais également en cas de comptabilité mal tenue, deux difficultés surgissent pour l'organisme de formation contrôlé :

• la preuve du lien, direct ou indirect, entre ses dépenses et les actions de formation professionnelle qu'il dispense ;
• la répartition entre ses dépenses engagées au titre de l'activité de formation professionnelle et celles effectuées au titre de ses autres activités.

Preuve du lien, direct ou indirect, entre les dépenses et les actions de formation professionnelle

Un seul objectif doit guider l'organisme de formation : démontrer le caractère rattachable de la dépense à son activité de formation professionnelle. Il ne s'agit pas "d'affirmer" mais d'apporter des éléments permettant d'établir le caractère justifié des dépenses litigieuses.

A l'exception de quelques rares types de dépenses ^{[ 3 ]} Ainsi, pour le Tribunal administratif de Rennes, un don est une dépense qui  "quel que soit son motif et son montant, est manifestement insusceptible de se rattacher à l'activité de formation professionnelle", Tribunal administratif de Rennes, 6 décembre 2024, N° 2205575 , ce qui ressort de l'analyse de la jurisprudence administrative, c'est que la nature de la dépense est sans effet sur son rattachement à la formation professionnelle. Ce qui compte c'est la finalité de la dépense ^{[ 4 ]} Voir notamment des dépenses effectuées auprès de cavistes, traiteurs, restaurants, en supermarché ou en pharmacie, rejetées "non en raison de leur nature même, mais au motif que leur réalité n'était pas justifiée ou que le lien, direct ou indirect, avec l'activité de formation de l'organisme de formation n'était pas établi, compte tenu des lieux où la dépense a été exposée, des horaires de facturation et de l'absence d'éléments suffisamment précis", Cour administrative d'appel de Versailles, 1er avril 2025, N° 22VE02518 . Idem, un rejet de dépenses effectuées les dimanches et jours fériés, alors que l'organisme de formation ne dispensait pas de formation sur ces jours, Cour Administrative d'Appel de Nancy, 5 décembre 2024, N° 22NC02497 .

Il n'en demeure pas moins que l'on peut identifier des types de dépenses qui sont plus problématiques que d'autres, à tout le moins, qui suscitent de la part des services de contrôle, une attention particulière.

Il s'agit des postes de dépenses suivants : hébergement, restauration, transport et déplacement, achats de matériel (notamment informatique), communication et publicité, cadeaux (quel que soit leur forme ^{[ 5 ]} Sans faire de "catalogue" voici quelques exemples : champagne, whisky japonais, composition florale, paniers gourmands, abonnements à un club de football. et leur destinataires ^{[ 6 ]}Clients, prospects ou salariés et évènements festifs.

La sanction de rejet sera prononcée dès lors que l'administration constate "soit une absence de factures ou de pièces justificatives en tenant lieu, soit l'absence de justification de l'utilité des dépenses pour l'activité de formation" ^{[ 7 ]} Tribunal administratif de Strasbourg, 2 décembre 2025, N° 2208270 - Cour administrative d'appel de Nancy, 5 décembre 2024, N° 22NC02497 . Si "le libellé figurant en comptabilité n'est pas suffisamment explicite pour vérifier le bien-fondé des dépenses et leur rattachement à l'activité de formation professionnelle", les agents de contrôle procèdent "à un examen aléatoire des factures" relatives aux postes de dépenses litigieux ^{[ 8 ]} Tribunal Administratif de Besançon, 11 avril 2024, N° 2201186 .

La jurisprudence illustre de manière concrète les dépenses jugées non rattachables, mais aussi celles admises lorsqu'un lien suffisant est démontré.

A titre d'exemples, ont été rejetées, comme non rattachables à l'activité de formation de l'organisme, les dépenses suivantes :

• la privatisation d'un Riad appartenant à une société dont la gérante est la même que celle de l'organisme de formation, dans l'objectif d'organiser des « Afterworks » ^{[ 9 ]} Tribunal Administratif d'Orléans, 22 janvier 2026, N° 2403448 ;
• le sponsoring au bénéfice de clubs sportifs concernant des compétitions de voiles et de rallye, ces évènements s'adressant à un public extérieur et non aux stagiaires en formation ^{[ 10 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• les frais de déplacement, d'hébergement, de restauration de la gérante d'un organisme réunionnais, qui a rencontré seulement deux personnes sur un séjour de 8 jours à Paris, d'autant que la facture de l'hébergement mentionne la présence d'une 2ème personne dont le lien avec l'activité de formation de l'organisme n'est pas démontré ^{[ 11 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• dépenses de carburant sans produire d'éléments précis et circonstanciés permettant d'établir, dans son principe, le rattachement de ces trajets aux activités de formation notamment en produisant un relevé kilométrique ou tout autre document retraçant les activités des utilisateurs du véhicule en question ^{[ 12 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• les frais de déplacement des salariés de l'organisme de formation sans toutefois produire un récapitulatif précis des déplacements effectués ainsi que des relevés kilométriques non plus qu'aucun élément permettant d'établir le rattachement de ces frais de déplacement à son activité de dispensateur de formation professionnelle, tels que des "extraits de l'agenda professionnel de ses salariés, des comptes-rendus d'entretiens ou de réunions, des calendriers de formations ou toute autre justificatif probant" ^{[ 13 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• la location de véhicules, mis à disposition des salariés et des formateurs, sans produire de justificatif et notamment "les carnets de bord et relevés kilométriques permettant d'attester des usages auxquels ces véhicules ont été effectivement employés", d'autant que ces mêmes salariés percevaient des indemnités kilométriques de sorte qu'était établi, par là même, le caractère professionnel des déplacements réalisés au moyen de leurs véhicules personnels ^{[ 14 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• la location de déguisement mis à disposition des apprentis à l'occasion de la fête de Carnaval qui ne saurait "présenter un quelconque intérêt pédagogique de sorte que leur rattachement à l'activité de formation n'est pas démontré" ^{[ 15 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• les dépenses de publicité notamment pour l'insertion d'encarts dans différentes publications éditées par l'amicale des sapeurs-pompiers de Saint-Denis et les polices municipales de La Réunion, "ces dépenses, dont l'objet est d'attirer de nouveaux clients ou plus largement de favoriser le rayonnement de la société auprès de ses partenaires, ne sont pas utiles à la réalisation d'actions de formation professionnelle" ^{[ 16 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• l'achat de tablettes numériques est une dépense rattachable à l'activité de formation dès lors qu'elles sont utilisées comme support pédagogique mais leur cession à l'issue de la formation s'apparente à un cadeau fait aux stagiaires. Pour s'en justifier, l'organisme de formation soutient que cette dépense entre dans l'objectif de formation dans la mesure où il s'agissait de laisser à des publics en difficulté d'insertion professionnelle et sociale le droit de s'initier totalement à l'espace numérique en leur offrant l'outil qui leur a permis sur le plan professionnel de réussir à signer un contrat de travail. Toutefois, il ressort des énonciations de la décision, que selon les explications apportées par le gérant dans le cadre de l'entretien contradictoire, ces tablettes avaient été utilisées comme supports pédagogiques dans le cadre d'une formation de salariés des bases logistiques d'une grande enseigne de la distribution ^{[ 17 ]} Cour administrative d'appel de Douai, 2 octobre 2024, N° 23DA01834 ;
• les dépenses de sous-traitance, lorsque les sous-traitants formateurs n'ont pas de N° de déclaration d'activité ^{[ 18 ]} Tribunal Administratif de Montreuil, 16 avril 2025, N° 2306669 - Tribunal Administratif de Montreuil, 3 juillet 2024, N° 2110047 -Tribunal Administratif de Besançon, 11 avril 2024, N° 2201186.

Ont été jugées rattachables à l'activité de formation de l'organisme, les dépenses suivantes :

• les frais de restauration des candidats et membres des jurys, l'organisme de formation ayant prouvé "par la production de tickets de caisse et de procès-verbaux relatifs aux sessions d'examen ayant eu cours, que celles-ci se rattachent aux actions de formation qui lui incombent" ^{[ 19 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 2 octobre 2025, N° 2201500 ;
• l'organisation d'une rencontre de fin d'année pour les salariés de l'organisme de formation, au motif que "la participation des salariés à un séminaire de fin d'année organisé par leur employeur, même en dehors de leurs heures de travail, présente un lien et une utilité avec leur activité professionnelle en visant à accroître la cohésion et le sentiment d'appartenance des participants à un même collectif " ^{[ 20 ]} Tribunal Administratif de Lille,  3 décembre 2025,  N° 2209069 .

Modalités de répartition de dépenses entre activité de formation professionnelle et autres activités de l'organisme de formation

En cas d'absence de comptabilité séparée, de tenue de comptabilité parcellaire ou insuffisante, l'administration peut, pour fixer le taux de répartition entre les dépenses au titre de l'activité de formation professionnelle et celles effectuées au titre des autres activités de l'organisme de formation, se référer au chiffre d'affaires déclaré au Bilan pédagogique et financier de l'organisme de formation (BPF) ^{[ 21 ]}  Tribunal administratif de Rennes, 6 décembre 2024, N° 2205575 . La somme rejetée sera dans ce cas déterminée en appliquant au montant total des dépenses de l'organisme une clé de répartition correspondant à la part de l'activité de formation professionnelle continue dans le chiffre d'affaires total de la société ^{[ 22 ]} Tribunal Administratif de Rennes, 6 décembre 2024, N° 2205575 . Ceci vaut dans la limite de la sincérité des informations déclarées au BPF et non pas s'il ne traduit pas la réalité de l'activité de l'organisme de formation ^{[ 23 ]} Cour Administrative d'Appel de Nantes, 20 février 2024, N° 22NT01716 . Mais l'administration peut également évaluer elle-même le montant des dépenses financées sur fonds publics et non justifiées, comme étant égal à la part représentée par les fonds publics perçus sur les produits totaux de la société pour chacune des années contrôlées ^{[ 24 ]} Tribunal Administratif de Marseille, 24 avril 2025, N° 2303929.

Elle peut procéder "pour les besoins de son contrôle, à des rejets de dépenses en utilisant cumulativement deux coefficients. Le premier coefficient exprime en pourcentage, pour chaque dépense, la part relevant de l'activité de formation professionnelle continue par rapport à (l'autre activité de l'organisme). Le second coefficient exprime un ratio entre les produits issus de fonds publics, des entreprises au titre de leur contribution obligatoire, des organismes paritaires collecteurs et des gestionnaires de fonds et les produits issus de fonds propres de (l'organisme) - autofinancement, formations payées par des particuliers ". Cette méthode, destinée à pallier une comptabilité défaillante, a été jugée conforme au droit par le juge administratif. ^{[ 25 ]} Tribunal Administratif de La Réunion, 14 novembre 2022, N° 2000166.

Points de vigilance pour les organismes de formation "multi-activités"

• Mettre en place une comptabilité distincte ou analytique effective, et non purement formelle.
• Documenter systématiquement l'utilité pédagogique de chaque dépense, y compris indirecte.
• Assurer la traçabilité des frais sensibles (déplacements, hébergement, communication, matériel).
• Vérifier la cohérence entre le BPF et la réalité de l'activité de l'activité de l'organisme.
• Anticiper les contrôles en conservant des justificatifs précis, circonstanciés et exploitables.

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Fiche 20-4 : Sanctions financières suite à un contrôle (accès abonnés)